UNEJ memiliki bendera berwarna kuning dengan kode warna RGB 247, 235, 58 yang di tengahnya terdapat lambang UNEJ dengan gambar sebagai berikut:

Bendera Fakultas Hukum berwarna merah dengan kode warna RGB 213, 14, 25 dan tulisan FAKULTAS HUKUM berwarna hitam dengan kode warna RGB 0, 0, 0 dengan gambar sebagai berikut:

Bendera Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik berwarna jingga dengan kode warna RGB 229, 115, 2 dan tulisan FAKULTAS ILMU SOSIAL DAN ILMU POLITIK berwarna hitam dengan kode warna RGB 0, 0, 0 dengan gambar sebagai berikut:

Bendera Fakultas Pertanian berwarna biru pada bagian atas dengan kode warna RGB 20, 51, 113 dan berwarna hijau pada bagian bawah dengan kode warna RGB 0, 142, 60 serta tulisan FAKULTAS PERTANIAN berwarna hitam dengan kode warna RGB 0, 0, 0 dengan gambar sebagai berikut:

Bendera Fakultas Ekonomi dan Bisnis berwarna abu-abu dengan kode warna RGB 125, 126, 126 dan tulisan FAKULTAS EKONOMI DAN BISNIS berwarna hitam dengan kode warna RGB 0, 0, 0 dengan gambar sebagai berikut:

Bendera Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan berwarna ungu pada bagian atas dengan kode warna RGB 90, 42, 112 dan berwarna hijau pada bagian bawah muda dengan kode warna 130, 190, 35 serta tulisan FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN berwarna hitam dengan kode warna RGB 0, 0, 0 dengan gambar sebagai berikut:

Bendera Fakultas Ilmu Budaya berwarna putih dengan kode warna RGB 253, 253, 253 dan tulisan FAKULTAS ILMU BUDAYA berwarna hitam dengan kode warna RGB 0, 0, 0 dengan gambar sebagai berikut:

Bendera Fakultas Teknologi Pertanian berwarna biru pada bagian atas dengan kode warna RGB 20, 51, 113 dan berwarna kuning pada bagian bawah dengan kode warna RGB 248, 237, 6 serta tulisan FAKULTAS TEKNOLOGI PERTANIAN berwarna hitam dengan kode warna RGB 0, 0, 0 dengan gambar sebagai berikut:

Bendera Fakultas Kedokteran Gigi berwarna hijau pada bagian atas dengan kode warna RGB 0, 141, 60 dan berwarna putih  pada bagian bawah dengan kode warna RGB 253, 253, 253 serta tulisan FAKULTAS KEDOKTERAN GIGI berwarna hitam dengan kode warna RGB 0, 0, 0 dengan gambar sebagai berikut:

Bendera Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam berwarna biru pada bagian atas dengan kode warna RGB 0, 0, 225 dan berwarna hitam pada bagian bawah dengan kode warna RGB 0, 0, 0 serta tulisan FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM berwarna putih dengan kode warna RGB 253, 253, 253 dengan gambar sebagai berikut:

Bendera Fakultas Kedokteran berwarna hijau dengan kode warna RGB 0, 141, 60 dan tulisan FAKULTAS KEDOKTERAN berwarna hitam dengan kode warna RGB 0, 0, 0 dengan gambar sebagai berikut:

Bendera Fakultas Teknik berwarna biru dengan kode warna RGB 20, 51, 113 dan tulisan FAKULTAS TEKNIK berwarna putih dengan kode warna RGB 253, 253, 253 dengan gambar sebagai berikut:

Bendera Fakultas Kesehatan Masyarakat berwarna ungu dengan kode warna RGB 112, 21, 152 serta tulisan FAKULTAS KESEHATAN MASYARAKAT berwarna putih dengan kode warna RGB 253, 253, 253 dengan gambar sebagai berikut:

Bendera Fakultas Farmasi berwarna hijau pada bagian atas dengan kode warna RGB 0, 142, 60 dan kuning pada bagian bawah dengan kode warna RGB 248, 237, 6 serta tulisan FAKULTAS FARMASI berwarna hitam dengan kode warna RGB 0, 0, 0 dengan gambar sebagai berikut:

Bendera Fakultas Keperawatan berwarna dasar biru (marine) pada bagian atas dengan kode warna RGB 20, 51, 113 dan biru muda (ultra marine white) pada  bagian bawah dengan kode warna RGB 112, 194, 236 serta tulisan FAKULTAS KEPERAWATAN berwarna hitam dengan kode warna RGB 0, 0, 0 dengan gambar sebagai berikut:

Bendera Fakultas Ilmu Komputer berwarna dasar abu-abu (grey) pada bagian atas dengan kode warna RGB 128, 128, 128 dan putih (white) pada bagian bawah dengan kode warna RGB 255, 255, 255 serta tulisan FAKULTAS ILMU KOMPUTER berwarna hitam dengan kode warna RGB 0, 0, 0 dengan gambar sebagai berikut:

Bendera Pascasarjana berwarna kuning emas dengan kode warna RGB 255, 215, 0 dan tulisan PASCASARJANA berwarna hitam dengan kode warna RGB 0, 0, 0 dengan gambar sebagai berikut: